在医保控费的大形势下，未来政策与市场的大方向是分级诊疗。但是就目前的现状来说，中国庞大而陈旧的医疗体系在短时间内难以撼动它的地位，分级诊疗难处重重。
难点一：
支付制度如何引导医患分级？
我国的支付制度以诊疗为核心，而非全面的健康管理，基层医疗特别是社会药店的功能长期被弱化。在现行制度下，门诊乃医院重要且稳定的收入来源，若利益机制调整不明确，医院如何能放开门诊资源与处方资源。此外，还需要发挥医保杠杆作用，拉大不同等级医疗机构与社会药店享有公平的政策资源。
难点二：
医生资源如何流向基层？
基层医生资源匮乏，尤其是高层次医生资源。相比起大医院，基层医生的待遇与社会地位较低等是不争的事实，留不住人才，自然无法培养患者对基层医疗的信任度。
难点三：
双向转诊如何实现？
分级诊疗制度强调基层首诊，同时通过政策引导，鼓励慢性期、恢复期患者向下转诊。目前，部分地区已借助"互联网+"的力量创建转诊协作平台，如现有市场上的一些互联网医院与精准寻医平台，实现了各层级的医院信息联通，有效解决了向上转诊难题。然而，分诊的难点却是推动基层首诊与大医院向基层转诊病人。遗憾的是，基层医院不仅缺乏医生资源，甚至药品与医疗器械的配备也不如大医院齐全，这在很大程度上将打击患者首诊与向下转诊的意愿。而对于社会药房，其分布广，便利性比基层医院更强，药品品种也更丰富，但药店没有处方，医保政策也与医院不对等，若这两个问题无法解决，药店比较终难以承接分级诊疗的需求。
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